Игра компании LucasArts основывается на событиях, описанных в мультсериале «Звездные войны: Война клонов». Новая история, разворачивающаяся в анимационных декорациях, является связующим звеном между первым и вторым сезонами: вас ждут битвы с сепаратистами, в которых джедаи и клоны сражаются плечом к плечу с общим врагом; орден джедаев еще полон сил, а император ситхов не успел подчинить себе Республику.

Играть можно как за джедаев, так и за солдат-клонов. Главными злодеями Republic Heroes являются охотник за головами Кад Бейн и ситх Лорд Дуку.